Aptamer Hot Start Master Mix
Aptamer Hot Start Master Mix je optimalizovaná směs pro přímé použití v PCR. Směs obsahuje Taq DNA polymerázu, DNA aptamer anti-Taq, dNTPs, MgCl2, barvivo, stabilizátory a aditiva. Aditiva a barvivo umožňují přímé nanesení vzorku na gel bez nutnosti přidávat vkládací pufr. Při srovnání s hot start master mixy obsahující anti-Taq monoklonální protilátku, master mixy s anti-Taq aptamerem mají výhodu spočívající v: (1) zvýšené rezistenci k vyšším teplotám, (2) reverzibilnímu účinku na Taq polymerázu, (3) zvýšené chemické definovanosti Master Mixu.
| Kat. č. | Název | Balení | Cena | |
|---|---|---|---|---|
| A613 | Aptamer Hot Start Master Mix | 40 reakcí, 0,5 ml | 539,00 Kč | |
| A614 | Aptamer Hot Start Master Mix | 200 reakcí, 5x 0,5 ml | 2 156,00 Kč | |
| A615 | Aptamer Hot Start Master Mix | 1000 reakcí, 25x 0,5 ml | 8 624,00 Kč | |
| A615xl | Aptamer Hot Start Master Mix | 4x 1000 reakcí, 100x 0,5 ml | 25 872,00 Kč |
Popis produktu
Aptamer Hot Start Master Mix je optimalizovaná směs pro přímé použití v PCR. Směs obsahuje Taq DNA polymerázu, DNA aptamer anti-Taq, dNTPs, MgCl2, barvivo, stabilizátory a aditiva. Aditiva a barvivo umožňují přímé nanesení vzorku na gel bez nutnosti přidávat vkládací pufr. Při srovnání s hot start master mixy obsahující anti-Taq monoklonální protilátku, master mixy s anti-Taq aptamerem mají výhodu spočívající v:
(1) zvýšené rezistenci k vyšším teplotám,
(2) reverzibilnímu účinku na Taq polymerázu,
(3) zvýšené chemické definovanosti Master Mixu.
Master Mix není vhodný pro aplikace, které využívají fluorescenční DNA sondy pro detekci množství amplifikované DNA (qPCR). Je vhodný pro rutinní amplifikace DNA fragmentů do velikosti 5 kb. Master mix je kompatibilní s templátovou DNA získanou pomocí DEP-25 DNA Extraction Kitu.
Hot Start
- Obsahuje DNA aptamer anti-Taq, který reverzibilně váže Taq DNA polymerázu a tím inhibuje její enzymatickou aktivitu při teplotě nižší než 45°C. V průběhu PCR se aptamer uvolní a dochází k obnově aktivity enzymu. Tyto vlastnosti aptameru usnadňují přípravu reakční směsi pro PCR za pokojové teploty. Hot start PCR s využitím aptameru nevyžaduje prodlouženou inkubaci za denaturační teploty. Po skončení PCR se aptamer při nižší teplotě opět naváže na Taq DNA polymerázu a tím zablokuje její enzymatickou aktivitu.
Rychlá příprava
- Všechny komponenty Aptamer Hot Start Master Mixu jsou 2x koncentrované. To umožňuje rychlou přípravu reakční směsi bez nutnosti rozmrazování jednotlivých komponent. Stačí dodat primery, templátovou DNA a doplnit H2O (součást balení).
- Master Mix je mimořádně vhodný pro rutinní vyšetřování větších počtů vzorků DNA. K roztoku Master Mixu v originální zkumavce (0,5 ml) je možné přidat požadované primery (např. 2x 40 µl) a PCR Ultra H2O (380 µl). Vlastní přípravu PCR lze pak omezit pouze na smíchání části této reakční směsi (např. 24 µl) s analyzovanou DNA (1 µl).
Přímé nanášení na gel
- Obsahuje aditiva a barvivo která umožňují po PCR vložení vzorku do gelu bez nutnosti přidat vkládací pufr.
- Barvivo migruje v čele gelu a neinterferuje s kvantifikovatelností PCR produktů. DNA aptamer, barvivo ani aditiva nemají negativní vliv na průběh amplifikace.
Vysoká účinnost a citlivost
- Master Mix umožňuje velmi citlivou a specifickou amplifikaci požadovaných fragmentů DNA z genomové DNA nebo z cDNA získané metodou reverzní transkripce. Mix obsahuje MgCl2 v koncentraci vhodné pro většinu PCR.
- DNA aptamer Anti-Taq výrazně snižuje tvorbu nespecifických produktů.
Obr. 1. Snížení nespecifické amplifikace v PCR Master Mixu s aptamerem
Myší genomová DNA byla izolována pomocí DEP-25 DNA Extraction Kit a fragment (860 pb) byl následně amplifikován pomocí běžného PPP Master Mixu (2) nebo Aptamer Hot Start Master Mixu (3) a odpovídajících primerů. Amplifikované vzorky byly naneseny na agarozový gel a po elektroforetické separaci barveny ethidium bromidem.
Vzorek 1. DNA marker (200-1500 pb).
Vzorek 2. fragment amplifikovaný bez aptameru.
Vzorek 3. fragment amplifikovaný v přítomnosti aptameru anti-Taq.
Závěr: výsledek ukazuje, že v přítomnosti aptameru nedochází k amplifikaci nespecifických fragmentů DNA.
Technické údaje
Komponenty základního balení
- 1 zkumavka s 0,5 ml Aptamer Hot Start Master Mixem (na 40 reakcí v celkovém objemu 25 µl).
- 1 zkumavka s 1,5 ml PCR Ultra H2O.
Složení
- Aptamer Hot Start Master Mix se dodává 2x koncentrovaný: 150 mM Tris-HCl, pH 8,8 (25oC), 40 mM (NH4)2SO4, 0,02% Tween 20, 5 mM MgCl2, 400 µM dATP, 400 µM dCTP, 400 µM dGTP, 400 µM dTTP, 100 U/ml Taq DNA polymerázy, DNA aptamer anti-Taq, barvivo, stabilizátory a aditiva.
Skladování
- Skladovat při teplotě -20°C ± 5°C; Master mix snáší opakované rozmrazování. Master mix snáší krátkodobé (do 3 dnů) skladování při teplotě do 30oC. To usnadňuje jeho transport („nature friendly“).
Čistota produktu a kontrola kvality
- Čistota Aptamer Hot Start Master Mixu je ověřena metodou SDS PAGE. Enzym migruje jako jediný proužek o molekulové hmotnosti 94 kD. Preparát neobsahuje nukleázy.
- Každá šarže Aptamer Hot Start Master Mixu je testována na schopnost amplifikovat fragment genu savčí genomové DNA, izolované pomocí DEP-25 DNA Extraction Kitu (Kat. č. D225 – D227), v PCR. Výsledný produkt je analyzován elektroforézou na agarózovém gelu v přítomnosti ethidium bromidu; pouze očekávaný fragment DNA je produkován.