Materiál pro elektroforézu

ELEKTROFORÉZA DNA FRAGMENTŮ A RNA VYŽADUJE REAGENS VYSOKÉ KVALITY U KTERÝCH NEJSOU ANI STOPOVÁ MNOŽSTVÍ DNÁZ A RNÁZ

PCR vkládací pufry jsou roztoky o vysoké hustotě, které usnadňují vkládání vzorků DNA do jamek elektroforetického gelu. Snadnou manipulaci se vzorky umožňují barviva, která mají pohyblivost při elektroforéze srovnatelnou s pohyblivostí DNA. V současné době se používá především pufr, který obsahuje bromofenolovou modř a xylen cyanol. Bromofenolová modř migruje v agarózovém gelu s 0,5 x TBE pufrem přibližně stejně rychle jako lineární dvouřetězcová DNA o velikosti 300 párů bazí, zatímco xylen cyanol migruje přibližně jako DNA o velikosti 4000 párů bazí. Tato relativní pohyblivost není ovlivněna koncentrací agarózy v rozmezí 0,5–1,4%.

Přítomnost barviva však může ovlivnit "svítivost" DNA při barvení gelu pomocí ethidium bromidu popřípadě jinými barvivy a tím znemožňovat kvantifi kaci DNA, popřípadě detekci DNA o nízké koncentrací. Z tohoto důvodu je dodáván vkládací pufr, který obsahuje pouze bromofenolovou modř (vkládací pufr Edge). Protože však PCR produkty jsou často o velikosti kolem 300 párů bází, byly zavedeny nové vkládací pufry, které obsahují barviva putující v agarózovém gelu rychleji než běžně analyzované fragmenty DNA. Yellow load vkládací pufr obsahuje žluté barvivo, orange G, které migruje v oblasti jednotlivých nukleotidů. Ještě rychleji migruje barvivo obsažené v Red load. Vkladací pufr Red load obsahuje stejné barvivo, jako je obsažené v PP master mixech nebo v Taq Purple DNA polymeráze a je tedy zvláště vhodné pro vkládání velikostních značek typu DNA marker.

Seřadit zboží

PCR vkládací pufr Red load

Vkládací „loading“ pufry jsou roztoky o vysoké hustotě, které usnadňují vkládaní vzorků do jamek v gelu. Vkladací pufr Red load obsahuje stejné barvivo jako je obsažené v PPP master mixech nebo v Taq-Purple DNA polymeráze a je tedy zvláště vhodné pro vkládání velikostních značek typu DNA marker. Na 10 µl PCR produktu se přidávají 2-3 µl vkládacího pufru.

Důležitou součástí PCR technik je elektroforetická separace DNA fragmentů v agarózovém gelu. Ne každá agaróza je pro přípravu gelů a elektroforetickou separaci vhodná. PCR agaróza představuje agarózu s optimálními vlastnostmi pro separaci DNA. Tato agaróza nevykazuje žádnou RNázovou nebo DNázovou aktivitu a je vhodná pro elektroforetickou separaci a přenos (blotování) DNA a RNA. Nízká hodnota elektroendoosmózy (EEO) přispívá ke zvýšené elektroforetické pohyblivosti RNA a DNA v gelu.

PCR vkládací pufr Yellow load

Vkládací „loading“ pufry jsou roztoky o vysoké hustotě, které usnadňují vkládaní vzorků do jamek v gelu. PCR vkládací pufr Yellow load obsahuje žluté barvivo orange G, které migruje v oblasti jednotlivých nukleotidů. Na 10 µl PCR produktu se přidávají 2-3 µl vkládacího pufru.

PCR vkládací pufr

Vkládací „loading“ pufry jsou roztoky o vysoké hustotě, které usnadňují vkládaní vzorků do jamek v gelu. PCR vkládací pufr obsahuje barvivo, bromofenolovou modř a xylen cyanol, které usnadňují monitorování průběhu elektroforézy DNA fragmentů. Na 10 µl PCR produktu se přidávají 2-3 µl vkládacího pufru.

PCR ethidium bromid

Jedná se o roztok ethidium bromidu (10 mg/ml) v PCR H2O v kvalitě vhodné pro analýzu PCR produktů.

PCR vkládací pufr Edge

Vkládací „loading“ pufry jsou roztoky o vysoké hustotě, které usnadňují vkládaní vzorků do jamek v gelu. PCR vkládací pufr Edge obsahuje bromofenolovou modř a umožňuje snadnou detekci a densitometrickou kvantifikaci DNA fragmentů v oblasti kolem 5 kb. Na 10 µl PCR produktu se přidávají 2-3 µl vkládacího pufru Edge.